La Désespérance, et après...

L'épisode commence à l'appartement de Misato où tout le monde prend ses petites habitudes du matin. Asuka va prendre un bain tandis que Shinji prépare le déjeuner mais on entend Asuka crier. Elle vient dans la cuisine et rouspète que l'eau est bouillante alors Shinji s'excuse mais Asuka en a marre qu'il s'excuse tout le temps car elle est persuadée qu'il le fait pour ne pas se faire crier dessus.
Misato dit que c'est la nature de Shinji mais Asuka lui reproche qu'elle s'occupe trop de lui depuis qu'elle est de nouveau avec Ryouji mais Misato répond qu'il n'y a rien entre eux deux. Puis, Ryouji laisse un message sur le répondeur disant qu'il a trouvé un bar sympa et qu'il invite Misato ce soir. Asuka s'en va, traitant Shinji et Misato d'hypocrites.

A la NERV, nos trois pilotes effectuent des test tandis que Misato demande à Maya où est sont les résultats de Shinji et elle remarque à sa grande surprise qu'il est celui qui a atteint le plus de points de synchronisations alors elle l'annonce à Shinji qui est très heureux de l'apprendre.
Dans les vestiaires, Asuka est jalouse d'apprendre que Shinji l'ait dépassé et elle commence à s'énerver sur son casier.
Le soir, Shinji rentre en bus et il est content d'apprendre qu'il est premier mais des enfants se moquent de lui, ce qu'il ne comprend pas.

Le lendemain, un ange apparaît. Misato arrive au QG et elle demande pourquoi ils n'ont pas été prévenus plus tôt mais Shigeru dit que l'ange est apparu tout à coup. Makoto remarque que l'ange n'est pas muni d'A.T Field alors Ritsuko croit qu'il s'agirait d'un nouveau type d'ange.
Pendant que l'ange vole au dessus de la ville, les trois Eva sont prêtes à attaquer tandis que Misato les informe qu'ils ne connaissent pas encore la vraie nature de l'ange donc il doivent faire très attention alors Asuka dit que la tâche parviendra parfaitement à Shinji puisqu'il est le n°1 dans la taux de synchronisation à moins qu'il ait perdu sa confiance ce qui irrite légèrement Shinji qui lui dit de bien le regarder passer à l'oeuvre puis il s'adresse à Misato disant que c'est elle-même qui avait dit qu'il était n°1. Cette dernière répond que ce n'est pas pour ça qu'il... Mais Shinji se met en position d'attaque.
Misato est énervée de voir que les pilotes n'en font qu'à leur tête. Shinji prévient Rei et Asuka qu'il va bientôt passer à l'attaque mais elles lui répondent qu'elles doivent encore se préparer. Asuka tente de s'approcher mais son câble est trop court alors elle le déconnecte et en prend un autre.

Shinji trouve que l'attente est trop longue alors il décide d’attaquer l'ange mais ce dernier disparaît et réparait sous Shinji qui se fait aspirer par l'ombre de l’ange. Asuka court aider Shinji qui a déjà disparu tandis que Rei tire sur l'ange mais il disparaît encore. Asuka saute sur un bâtiment car l'ange aspire tout ce qui se trouve en dessous de lui grâce à son ombre. Asuka parvient à grimper au sommet du bâtiment qui commençait à se faire engloutir. Misato ordonne à Rei et Asuka de se replier mais Rei demande ce qu'ils font de Shinji mais Misato, énervée, ordonne le repli.
Plus tard, un hélicoptère, avec à bord Misato et Makoto, survole Tokyo-3 qui s'est pratiquement fait engloutir par l'ange. Maya dit que ça doit être dur pour Misato mais Ritsuko ajoute que le câble de l'Eva-01 doit sûrement déjà être sectionné ce qui veut dire que l'Eva risque de se désactiver sauf si Shinji reste en mode de survie, alors il peut survivre au moins 16 heures.
Le soir, une nouvelle mission est tentée. Makoto informe Misato que les forces des Nations Unies ont été déployées mais Misato sait très bien qu'ils ne peuvent rien faire, à part leur mettre la pression. On entend alors Asuka qui s'énerve disant que Shinji a eu la grosse tête et voilà qu'il s’est fait avoir par l'ennemi mais Rei vient se mettre devant elle et elle lui demande pourquoi elle pilote, si c'est pour avoir des félicitations mais Asuka dit qu'elle s'en fiche de ça car c'est elle qui décide de son travail mais Misato leur demande d'arrêter de se disputer car, en effet, Shinji n'en a fait qu'à sa tête. C’est pourquoi elle s'occupera personnellement de lui à son retour.

Shinji, à l'intérieur de son Eva, est épuisé. Seulement, il ne lui reste que 4 ou 5 heures à vivre.
A la NERV, Ritsuko explique que le corps de l'ange, c'est son ombre. A l'intérieur, il y a un espace virtuel peut-être relié à une autre dimension. La sphère se referme dès que cet espace interne se referme. En fait, c'est la sphère qui est l'ombre et c'est cette ombre qui a absorbé l'Eva-01.
Dans son cockpit, Shinji se rend compte que l'oxygène de son cockpit se coagule et que ça sent le sang mais il ne sait pas sortir.

Au QG, Ritsuko suggère à Misato un assaut pour sauver l'Eva-01. Ils devront lancer des missiles tandis que les deux autres Eva court-circuiteront le système de l'ange mais cela risque d'endommager l'Eva-01. Ritsuko dit que leur priorité est de récupérer l'Eva-01, qu'importe son état, car la survie du pilote n'est pas prioritaire ce qui énerve Misato qui gifle Ritsuko.
Misato lui demande pourquoi, elle et Ikari, tiennent tant à récupérer l'Eva-01 et puis, ce qu'est une Evangelio. Ritsuko répond qu'elle lui a fournit tous les rapports concernant ce sujet mais Misato n'en croit pas un mot. Ritsuko lui demande pourtant de lui faire confiance car c'est elle qui est chargée du commandement de cette opération puis, elle s'en va en prévenant déjà des équipes de renfort. Misato trouve que la NERV cache énormément de mystères.

Shinji est en train de penser. Il demande qui est là et sa même voix répond que c'est lui et que tout le monde a un autre "moi" en soi car un individu est toujours constitué de deux autres individus : le Shinji qui est vu par les autres et le Shinji que l'on voit de l'intérieur. Il y a énormément d'individus qui s'appellent Shinji Ikari. Il y a un Shinji dans le coeur de Misato, Rei et son père mais chacun de ces Shinji sont différents. Shinji n'a pas peur de l'autre Shinji qui se trouve dans le coeur des autres mais il a peur d'être méprisé.
Shinji dit que c'est de la faute de son père qui l'a abandonné et il dit ajoute que c'est aussi sa faute à lui alors. On voit Asuka qui lui dit d'arrêter de tout le temps s'excuser mais Misato ajoute qu'il n'y a que lui qui estime qu'il ne sait rien faire. Puis, on voit Rei qui gifle Shinji et elle lui dit qu'il n'a pas confiance en son père. Shinji croit qu'il déteste son père mais il n'en est plus certain.
On entend ensuite Ikari qui félicite son fils. L'autre Shinji lui dit qu'il continue à vivre en dominant cette joie car c'est elle qui le fera continuer à vivre et à le mentir bien que tout le monde fasse cela. Si Shinji vit, il y a encore beaucoup trop de souffrances qui l'attendent. L'autre Shinji lui dit qu'il a toujours fermé les yeux et bouché ses oreilles pour fuir ce dont il a peur. On le revoit alors se faire frapper par Toji puis, son père qui dit de s'en aller mais Misato lui dit de ne pas se préoccuper des autres. Shinji ne veut plus entendre ça, alors l'autre Shinji dit qu'il fuit encore. Shinji dit qu'il a éprouvé du plaisir et se demande s'il serait mal d'en vouloir encore...

Au QG, Makoto informe que les réserves d'énergie sont bientôt épuisées alors Ritsuko décide d'avancer l'opération de douze minutes en espérant que cela laissera du temps pour Shinji d'avoir une chance de survivre.
On retrouve ce dernier qui repense à son enfance quand son père l'avait abandonné. Des voix accusent Ikari d'avoir tué sa femme mais Shinji ne veut pas y croire. Misato lui dit d'avoir du courage et son père lui demande de ne pas fuir mais Shinji répond qu'il n'en peut plus d'être seul. Il est dans son cockpit en boule tandis que l'oxygène diminue. Il remarque que sa combinaison n'assure plus sa survie.
Alors qu'il commence à perdre connaissance, une lumière brille. Il s'agit de sa maman qui est venu le sauver.

Tandis que l'opération de sauvetage est sur le point de commencer, l'ange commence à se faire transpercer par l'Eva-01, qui pourtant, n'avait plus d'énergie depuis longtemps. L'Eva fait jaillir du sang partout et Asuka est effrayé de savoir qu'elle pilote aussi un monstre. Ritsuko trouve cela effrayant car se sont eux qui l'ont conçu mais Misato se demande de ce que compte faire la NERV des Evangelions quand ils auront vaincu le dernier ange.
L'Eva-01 arrive à se libérer et il se met à hurler tandis que le sang continue de gicler partout.

Plus tard, Misato est émue de voir Shinji vivant et elle pleure sur ce dernier qui voulait revoir sa mère tandis qu'Asuka croyait que Misato devait le gronder.
Pendant que l'Eva-01 est rincé à l'eau, Ritsuko se demande ce qu'ils feraient si les Evangelions se mettraient du côté ennemi de la NERV. Elle dit aussi à Ikari que Misato commence à être au courant de certaines choses et il faut éviter que Shinji et Rei apprennent le véritable secret de l'Evangelion, sinon, ils risqueraient de ne jamais leur pardonner.
Shinji se réveille à l'infirmerie. Rei est à côté de lui et elle lui dit qu'il peut se reposer car ils s'occupent de tout mais Shinji répond qu'il se sent déjà beaucoup mieux. Rei dit qu'elle est heureuse pour lui ce qui étonne Shinji d'entendre cela, puis, elle s'en va et elle surprend Asuka qui écoutait à la porte ce qui fait rire Shinji qui renifle ensuite sa main, qui sent toujours le sang. Fin de l'épisode.

Episode stressant pour tout le monde étant donné que notre héros Shinji a disparu ! On découvrira alors ce que ressentent certains personnages mais l'arrivée de l'Eva-01 est tout simplement spectaculaire et... Sanglante !