La Guerre d'un Homme

Shinji est toujours dans son Entry Plug qu'il a bloqué afin qu'on ne l'éjecte pas car il ne veut pas sortir. Makoto lui dit que si Ikari n'avait pas réagit, Shinji serait mort mais ce dernier dit que ce n'est pas ça le problème et s'il le veut, il peut détruire le QG car il lui reste encore trois minutes d'énergie. Il est très énervé car Ikari a essayé de tuer Toji, avec les mains de Shinji.
Ikari ordonne de monter le LCL, l'oxygène de l'Entry Plug, au maximum car il n'a pas de temps à perdre.

Sur les lieux du combat, Ritsuko et Misato n'en reviennent pas du massacre. Misato demande comment va Shinji. Ritsuko répond qu'ils ont su le sortir de l'Entry Plug en découpant au laser l'ouverture pendant que Shinji était encore inconscient. Misato est persuadée qu'il ne voudra plus retourner dans son Eva. Asuka pense la même chose. Rei demande comment va Shinji. Elle répond que lui au moins, il n'est pas blessé contrairement à elle, Rei et Toji.
Toji se réveille et il se demande pourquoi Shinji est aussi allongé sur un lit d'hôpital puis, il se rendort. Il se trouve dans un train et il aperçoit Shinji et Rei qui discutent. Elle lui demande pourquoi il a réagit ainsi mais il répond qu'il ne pouvait pas pardonner son père qui l'avait trahi. Ils avaient pourtant eu une discussion franche seulement Ikari ne comprend rien de ce que Shinji peut ressentir. Rei lui demande s'il a essayé de comprendre son père ce qu'approuve Shinji alors Rei lui demande pourquoi il ne le comprend pas. Shinji dit qu'il a essayé puis il se referme sur lui alors Rei dit qu'il fuit encore. Il se demande s'il a tort de fuir ce qui est désagréable.

Karin a l’autorisation d'aller voir Toji qui se réveille et il demande où est passé Shinji. Elle lui répond que Shinji est parti hier et que Toji a dormi trois jours, ce qu'il trouve long mais il demande à Karin si elle, elle est... Mais elle répond qu'elle est venue juste parce qu'elle est la déléguée. Il s'excuse de ne pas avoir goûté à sa cuisine mais elle dit que ce n'est rien. Il lui demande ensuite si elle peut dire à la petite soeur de Toji que son frère n'a rien de grave mais on aperçoit qu'il lui manque un bras et une jambe...
A la NERV, Shinji est convoqué devant son père. On lui met les menottes car il a abusé d'une Eva, chantage et insubordination. Ikari trouve cela grave mais Shinji désire arrêter de piloter une Eva et ainsi retourner chez son tuteur. Ikari lui dit qu'il prend encore la fuite et il souhaite ne plus jamais le revoir ce que souhaite également Shinji puis, il s'en va. Ikari prévient alors qu'il n'y a plus de 3ème élu et qu'ils confient l'Eva-01 à Rei en tenant la Plug Factice au cas où.

A l'appartement, Shinji est sur son lit. Le téléphone sonne mais il ne décroche pas alors Kensuke laisse un message. Il demande pourquoi Shinji s'en va car il était un modèle pour lui, il l'enviait puis, il s'énerve disant que si Toji peut piloter alors lui... Mais la ligne est coupée pour des raisons de sécurité.
A la gare, Shinji se doutait bien qu'Asuka ne viendrait pas. Misato lui dit qu'il aura toujours des comptes à rendre pour ses paroles et ses actes ce dont Shinji est bien conscient. Il lui demande pourquoi Toji avait été choisi. Elle répond que tous les élèves dans la classe de Shinji sont des pilotes d'Eva de réserve et ils ont choisi Toji, ce qu'elle a d'ailleurs appris récemment. Elle s'excuse ensuite de toute la charge que devait porter Shinji mais ils ne pouvaient rien faire d'autre. Elle dit qu'il pourra toujours tout garder en mémoire mais il préfère tout oublier. Elle ajoute qu'elle a laissé sa chambre dans l'état où il l'avait laissé et elle a aussi gardé sa carte de membre mais Shinji dit fermement qu'il ne pilotera plus jamais une Eva puis, Misato rentre en voiture.
Shinji attend sur le quai mais une alerte est donnée : c'est un ange. Les défenses de Tokyo-3 sont inefficaces face à l'ange qui les détruits toutes. Misato ordonne que l'on envoie l'Eva-02 tout près du Geofront ainsi que l'Eva-00 mais elle n'est pas encore prête alors Ikari demande que Rei monte à bord de l'Eva-01 et de l'équiper avec le Plug Factice.

Rei est à bord mais l'Eva-01 la refuse. Ikari ordonne alors de faire sortir Rei à bord de l'Eva-00 avec la Plug Factice. Misato dit que l'Eva-00 n'est pas prête mais Rei accepte car si elle meurt, il reste tout de même un substitut.
L'ange continue à causer de graves dégâts. Shinji reste impuissant face à cette scène mais il s'est pourtant juré de ne plus jamais monter à bord d'une Eva. Tout repose sur Asuka qui est déterminée à détruire l'ange. Elle commence à mitrailler l'ange mais son A.T Field n'est toujours pas neutralisé. L'ange coupe alors les deux bras de l'Eva-02 dont du sang jaillit mais Asuka fonce droit sur l'ange. Misato ordonne de vite couper la synchronisation. Tout est débranché de justesse car l'ange vient de couper la tête de l'Eva-02.
Dans un abri, Shinji repense à Asuka qui lui disait que les exercices d'évacuation ne servaient à rien puisqu'ils étaient des pilotes mais la tête de l'Eva-02 atterrit tout près de l'abri ce qui effraye Shinji.

L'Eva-02 est neutralisée. Asuka est encore en vie mais elle pleure d'énervement. La Plug Factice est introduite dans l'Eva-01 mais l'Eva refuse de s'activer. Elle n'accepte ni Rei ni la Plug Factice alors Ikari se lève et il dit à Fuyutsuki qu'il s'en va un court instant.
Tout le monde court aux abris tandis que Shinji s'inquiète pour Asuka puis, il aperçoit Ryouji qui arrose son jardin. Il lui demande ce qu'il fait ici mais Ryouji lui retourne la question. Shinji répond qu'il ne pilotera plus jamais une Eva. Ryouji dit que c'est la même chose pour lui puisqu'il a été viré de son poste.
L'ange s’approche du quartier général de la NERV où est caché Adam et si jamais un ange entre en contact avec Adam, ce sera le Troisième Impact, celui qui tuera tout le monde mais seul les Evas peuvent empêcher cette catastrophe.

Soudain, l'Eva-00 sort avec une bombe en main et Rei se lance sur l'ange. Elle parvient à passer l'A.T Field puis, la bombe explose. L'ange parvient quand même à encore à couper la tête de l'Eva-00. Shinji reste sous le choc de cette scène alors Ryouji lui dit qu'il a une tâche que lui seul peut accomplir. Shinji est décidé puis, il court à la NERV qui essaie désespérément d'activer la Plug Factice mais l'Eva-01 refuse toujours. Shinji demande qu'on le laisse piloter car c'est lui le pilote de l'Evangelion-01.
L'ange arrive face au QG et il s'apprête à faire feu mais l'Eva-01 se jette sur lui. L'ange coupe un bras de l'Eva-01 mais Shinji ne s'arrête pas. Ikari regarde attentivement la scène. L'Eva-01 lance l'ange sur une catapulte alors Misato demande de lancer la catapulte où se trouve l'ennemi.
Une fois arrivé hors du Geofront, Shinji commence à frapper l'ange mais l'Eva-01 se désactive. Misato et les autres arrivent à la surface. Shinji essaie de faire bouger l'Eva-01 mais elle ne réagit pas. L'ange coupe l'autre bras de l'Eva-01 puis, il commence à frapper sur un noyau qui se trouve en plein de centre de l'Eva. Ce noyau ressemble étrangement à celui d'un ange.

Shinji n'arrive toujours pas à faire bouger son Eva mais il ressent une drôle de sensation. L'Eva-01 se réactive et elle parvient à régénérer son bras en prenant une partie de l'ange. Maya informe que le taux de synchronisation dépasse les 400%. Ritsuko n'en revient pas et elle dit que l'Eva-01 se réveille. L'Eva se lance sur l'ange et elle le renifle avec une haleine glaciale puis, elle se met à le manger ce qui horrifie Misato et les autres.
Soudain, l'Eva-01 perd ses entraves. Ritsuko dit que ce n'est pas une armure mais une entrave qui permet de préserver le vrai pouvoir de l'Eva-01 mais cette fois, cette entrave ne suffit pas et il leur est impossible de l'arrêter. Ryouji dit que la Seele ne pourra pas tolérer ça et il se demande si cela faisait parti du programme d'Ikari qui observe la scène. Il dit que ça a commencé, le commencement de tout. Fin de l'épisode.

Shinji renonce une deuxième fois de piloter l'Eva-01, après ce qui s'est passé... Néanmoins, les combats restent toujours aussi grandioses notamment avec l'Eva-02, qui perdra l'avantage mais tout sera vite rétabli grâce à l'Eva-01 qui ne cessera jamais de nous surprendre !