Eveil de Dieu de et l'Homme

L'oeuf du temple de Rah a éclot, laissant échapper une aile tandis qu'Ayato a disparu des côtés de Reika qui semble être prise d'une certaine joie en voyant l'éclosion. Les forces extérieurs font toujours face à Fortissimo mais leurs tirs ne semble pas atteindre le Dolem. Au même moment, une troisième entité, différente des deux Dolem précédents vient d'apparaître dans le ciel: RahXephon.
Celle-ci à l'apparence d'un titan recouvert de deux grandes ailes et ne craint pas les attaques des vaisseaux "ennemis". Une seule attaque du titan détruit toutes les forces extérieurs à Tokyo excepté une. Cependant, RahXephon ne semble pas être du côté de Tokyo. En effet, Fortissimo entame une attaque contre lui mais le géant mystique ne semble pas la craindre et détruit même le Dolem. Le second Dolem reprend son chant mais Mû disparaît mystérieusement tandis que le titan referme complètement ses ailes et regagne l'oeuf de la chambre de Rah dont il était sortit. Au même moment, les membres de l'armée de Tokyo envoient "Olin" à l'hôpital et semblent satisfaits d'avoir réussit la mission. Les hommes en noir, travaillant pour l'armée, effectuent leurs recherches sur la jeune femme qui sauva Ayato dans la station de métro, cette dernière étant arrivée à Tokyo par un vaisseau du même type que les forces extérieures qui les ont attaqués.

Ayato se réveil à l'hôpital, Reika n'est pas avec lui. N'ayant pas de blessure grave, le jeune garçon est autorisé à sortir, sa mère étant en route pour aller le chercher. Dans les couloirs de l'hôpital, Ayato est pris de flashback sur les évènements s'étant déroulés la veille et sur l'éclosion de RahXephon.
La mère d'Ayato le reconduit chez lui, et cette dernière semble cacher à son fils qu'elle était à la tête de l'apparition des Dolem. Celle-ci stipule qu'elle n'a vu les armes que de loin et qu'elle n'a vu aucune entité comme RahXephon. De retour chez lui, Ayato appelle Reika qui ne donne aucune explication quant à son étrange volatilisation. L'appel est interrompu par l'arrivée de la mère d'Ayato. Cette dernière tente de rappeler le numéro, mais le combiné lui annonce qu'il est erroné...
Le lendemain, en cours, Ayato observe la place vide de Reika. Il repense aussi à ce que la mystérieuse femme lui a dit la veille à propos du sang bleu. Le jeune garçon est tiré de ses pensées par son professeur et Mamoru l'interroge sur le fait d'apprendre la langue de pays qui n'existent plus... Lors de la pause, Ayato raconte à ses amis sa rencontre avec Reika après qu'il soit sorti du métro. Ils semblent ne pas savoir de qui il s'agit jusqu'à ce que Reika arrive.

Plus tard, sur les bords de la piscine de l'établissement, Ayato et Reika parlent de l'apparition mystérieuse du géant RahXephon. La jeune fille tient à Ayato des propos mystérieux sur l'entité qui selon elle est comme un "miroir qui peut accorder le monde".
De retour chez lui, Ayato reçoit une invitation accompagnée d'une photo des évènements de la veille. Cette invitation est sans nul doute envoyée par la mystérieuse jeune femme qui souhaite toujours révéler certaines choses à Ayato.
De retour du côté de l'armée, Fortissimo est en régénération et RahXephon ne s'est toujours pas réveillé. Ayato a décidé d'accepter l'invitation et, le soir venu, il se rend discrètement à l'endroit indiqué. La jeune femme passe alors le prendre en voiture et celle-ci lui dit de faire attention aux médias qui cachent la vérité, raison qui a poussé Ayato à venir au rendez-vous. La femme interroge alors le jeune homme sur le nombre d'habitants sur Terre. Vu que le monde a été en partie détruit, le nombre d'habitants est désormais de 23 millions selon Ayato mais la jeune femme le contredis en lui en indiquant 6 milliards. Sans dire autre chose, la jeune femme pénètre de force la base militaire ce qui semble être le moyen de dévoiler le monde à Ayato. La mère du jeune garçon est prévenue par l'armée de la disparition de son fils tandis que Fortissimo a terminé sa régénération et que Reika est de retour dans la chambre de Rah.

La jeune femme accompagnée d'Ayato a regagné le vaisseau par lequel elle est venue en Tokyo. La mère du jeune homme se rend au quartier générale de l'armée et est appelée par un de ses hommes qui lui signale qu'ils ont perdu le contrôle sur RahXephon. Reika, désormais sur le géant, recommence à chanter. Le vaisseau guidant Ayato et la jeune femme n'obéit plus aux ordres et se dirige tout seul. RahXephon a commencé à déployer ses ailes et Ayato entend les chants combinés de Reika et des Dolem. Comme hypnotisé, il souhaite rejoindre RahXephon. La mère d'Ayato se dirige elle vers la chambre de Rah.
Le vaisseau avec à son bord Ayato arrive alors dans la chambre de Rah et la mystérieuse femme est surprise de voir l'entité ici. Ayato saute en parachute, comme attiré par le titan tandis que le vaisseau s'écrase dans l'eau. La femme est alors témoin de l'entrée d'Ayato en RahXephon même. Ayato reprend conscience et semble se trouver dans une sorte de cockpit à l'intérieur du géant. Troublé, les flashback de l'attaque lui reviennent à l'esprit. Son cri d'effroi provoque la levée de l'entité: RahXephon semble être entré en résonance.
La mère d'Ayato se trouve elle aussi dans la chambre de Rah et, blessée par un projectile éjecté par le géant, du sang bleu coule sur ses joues. Les troubles d'Ayato s'accroissent lorsque ce dernier aperçoit sa mère avec un sang différent du sien et semblable à ceux des hommes en noir...

La série continue de se lancer petit à petit et instaure des concept très étranges, qui ne sont pas sans rappeler Evangelion. Espérons toutefois qu'après décollage, la série saura se démarquer.