Le plan pour l'indépendance du Japon

L'histoire reprend au moment où l'avait laissé l'épisode 01, l'Ordre des Chevaliers Noirs contrôle la tour, et Britannia lance un assaut à partir du sol pour en reprendre le contrôle.
L'Ordre des Chevaliers Noirs retient les troupes de Britannia pendant que Zero analyse la structure de la tour pour établir un plan. Karen se remémore ce qu'il s'est passé dans la grotte, au moment où Suzaku et Lelouch se font feu. Le flash-back commence, Lelouch tire légèrement avant et détruit l'émetteur que porte Suzaku à l'oreille tandis que celui-ci touche le pistolet de Lelouch, qui est alors désarmé.

Suzaku fonce sur Lelouch lui met un coup de pied pour le désarmer et un autre pour le mettre au sol, puis Karen court pour l'aider, mais Suzaku la vise avec le pistolet, sans même la regarder et lui rappelle que c'est Lelouch, qu'il l'a utilisé, elle et les japonais, ce qui stoppe Karen. Tout en disant cela, il enlève la bombe sur le torse de Lelouch, qui se débat tant bien que mal, puis Karen s'enfuit.
Ensuite, Suzaku emmène Lelouch camisolé devant l'Empereur, et l’empêche d'utiliser son Geass, puis il demande à être promu Knight of Round, c'est-à-dire l'un des douze meilleurs soldats du royaume, et cela en tant que récompense pour la capture de Zero.
Lelouch lui demande s'il est prêt à sacrifier ses amis pour changer le monde de l'intérieur, Suzaku répond que oui, ce qu'apprécie l'Empereur, qui accepte, puis demande à Suzaku de tenir Lelouch en cachant son Geass. On découvre alors que l'Empereur possède lui aussi ce pouvoir, un dans chaque oeil, et qu'il va l'utiliser sur Lelouch pour lui modifier ses souvenirs, et ainsi lui faire oublier sa mère, Nanally et le fait qu'il est Zero...

On revient alors à l'instant présent, sur Lelouch, qui cite le Geass de C.C, puis elle réplique qu'elle n'a pas transmit le pouvoir à l'Empereur. Lelouch demande alors où est Nanally, C.C répond que l'Ordre des Chevaliers Noirs la recherche activement, puis il demande pour Sayoko, la servante, C.C répond qu'elle s'est réfugiée au sein de l'Union chinoise.
Lelouch dit alors qu'il sauvera Nanally, il souvient alors qu'il n'a pas de frère, et se demande qui est Rollo. D'ailleurs, ce dernier, toujours dans la tour, demande de l'aide à des soldats britanniens car il ne retrouve pas Lelouch.
Puis un Knightmare approche de Lelouch et C.C, qui a juste le temps de se cacher, Lelouch se retourne et demande de l'aide au pilote en disant qu'une personne est mal en point, puis il s'agenouille devant un soldat des troupes secrète d'investigation, cela fait sortir le pilote de son Knightmare. Lelouch utilise alors son Geass et lui prend le Knightmare.

On retrouve ensuite le Gouverneur-Général en pleine discussion avec un des chevaliers de Cornelia, Gilbert, sur ce qu'il se passe, il lui dit qu'il va s'y rendre et que lui, le chevalier, doit rester pour s'entretenir avec les représentant de l'Union chinoise.
Par ailleurs, un Sutherland britannien poursuit des survivants et leur tire dessus, puis le Guren, avec Karen à ses commandes, sort à travers un mur et maîtrise très rapidement l'unité ennemie.
Lelouch donne des ordres à différents membres de l'Ordre des Chevaliers Noirs, ce qui leur permet de se débarrasser aisément des Sutherlands, tout cela grâce au Sutherland que Lelouch a dérobé précédemment.

Le Gouverneur-Général arrive alors dans la base, au pied de la tour, tandis que les soldats présents paniquent à cause du retournement de situation.
Karen rejoint alors Lelouch dans la salle d'où il donne les ordres, ce qui surprend Lelouch car il lui avait demandé de se rendre à un autre endroit, celle-ci répond qu'elle voulait le voir. Elle pointe alors un pistolet sur Lelouch.

L'action se tourne alors sur l'Empereur, accompagné de Suzaku avec une cape bleue. L'Empereur l'emmène dans un endroit où il est le premier des Knight of Round à s'y rendre, et cela grâce à sa connaissance du Geass et de la véritable identité de Zero, ils arrivent alors dans le sanctuaire, qui est en faite une arme pour défaire les Dieux : L'Epée d'Akasha.
De retour sur Lelouch et Karen, il lui demande ce qu'elle lui veut après l'avoir lâchement abandonné, elle lui répond qu'il l'a déçue, il demande alors si c'est à cause de sa réelle identité ou du Geass, elle répond les deux. Puis elle demande s'il a utilisé son Geass sur elle pour la faire agir selon ses désirs, ce qui fait rire Lelouch, qui répond alors que son coeur lui appartient, ainsi que ses sentiments et son dévouement envers Zero, puis il s'approche d'elle malgré son avertissement, et tandis que le pistolet touche son torse, il met sa main dessus et lui demande délicatement si elle ne le croit pas. Celle-ci recule, lâche le pistolet, puis semble troublée, elle répond ensuite qu'elle le croit, même si cela fait d'elle un simple outil, puis elle précise qu'elle croit en Zero, non pas en Lelouch, il rétorque alors que cela lui va.
Puis, il lui demande si elle compte rester encore longtemps habillée de la sorte, en tenue de lapin sexy, et celle-ci se regarde, se couvre la poitrine et le traite de pervers, puis il lui demande si c'est une façon de parler à Zero, elle dit alors que c'était destiné à Lelouch.

C.C prévient alors Lelouch que les forces de soutien de Britannia arrivent, de nombreux Knightmares pénètrent la tour par les hauteurs, tandis que Karen est surprise en regardant le moniteur, Lelouch lui place sa veste sur le dos, puis dit que la fuite semble très difficile, mais que c'est justement pour cela qu'il gagnera.
Le but des britanniens est d'attendre l'Ordre des Chevaliers Noirs à la sortie de la seule issue qu'il leur reste.
Lelouch embarque alors dans le Sutherland, pendant ce temps C.C installe des bombes à divers endroit de la structure de la tour. Lelouch dit alors que tout se passe selon le plan, mais à ce moment il reçoit une communication d'un des membres de l'Ordre des Chevaliers Noirs qui lui indique qu'un Knightmare ennemi arrive, mais la communication est coupée, puis le Knightmare inconny continue d'avancer et élimine de plus en plus de Knightmare de l'Ordre des Chevaliers Noirs.
A ce moment Karen, dans le Guren, et le membre du Shiseiken, Urabe, dans son Gekka, se placent devant le Sutherland de Lelouch, puis Urabe dit alors qu'il faut protéger Lelouch a tout prix, et qu'ils ne sont que des pions, puis Lelouch lui dit qu'il se trompe, et qu'ils ne peuvent pas gagner en sacrifiant leurs forces.

Ensuite, les portes d'un ascenseur s'ouvrent avec le Knightmare dorée, qui ressemble énormément au Lancelot, à l'intérieur, deux Knightmares de l'Ordre arrivent et l'observe, tandis qu'ils l'analyse tout en informant Zero, mais le Mecha disparaît.
On le retrouve en train de se battre contre deux Knightmares de l'Ordre, il s'occupe d'un d'eux avec un Slash Hawk au niveau de sa ceinture, puis il fonce et s'arrête juste devant l'autre, le pointant avec son coude, d'où une onde de choc sort et détruit le Knightmare. Lelouch commence alors à paniquer. Le Knightmare dorée arrive alors dans la salle où sont Lelouch, Karen et Urabe.
Karen et Urabe lui foncent dessus, il sort alors ses deux épées, attend et disparait juste devant eux, on voit alors que les Knightmares de Karen et Urabe ont chacun leur bras droit touché.

Le Knightmare se retrouve alors devant celui de Lelouch, il assemble ses deux épées et forme une double lance, Lelouch lui tire dessus, il disparaît de nouveau et réapparait juste à coté de lui et au moment il s'apprête à le frapper, Urabe avec son Gekka pousse le Knightmare de Lelouch pour le sauver et pare le coup avec son sabre.
Urabe dit que le fait que Zero soit un étudiant ne change rien et qu'il ne pense pas qu'il mente sur l'importance des unités, il demande ensuite à Karen de veiller sur Zero et à ce dernier de protéger le Japon et son peuple, puis il se transperce volontairement le ventre avec son sabre pour ainsi atteindre son ennemi qui ne peut éviter, ce qui a pour effet de toucher l'épaule droite du Knightmare où se trouve l'un de ses capteurs.
Le Gekka explose, mais le Knightmare dorée s'est téléporté pour éviter l'explosion. Puis Lelouch s'apprête à lui tirer dessus, mais Karen se place devant pour protéger Lelouch et combattre le Knightmare, Lelouch lui crie d'attendre, mais Karen répond qu'elle s'est résignée pour le bien de Zero, mais à ce moment C.C informe Lelouch qu'elle a fini les préparatifs, puis Lelouch presse un bouton et les bombes explosent.

Tandis que l'Ordre est en lieu sûr dans l'un des étage les plus bas, la tour se coupe en deux, et une partie tombe sur les troupes qui attendaient l'Ordre à la sortie, dont la base ou se trouve le Gouverneur-Général, qui ne pourra pas échapper aux débris.
Juste après Zero fait une apparition sur tous les écrans pour annoncer son retour, et réitérer son objectif, créer un nouvel état, ce qui choque tout le monde, pensant qu'il était mort.
Parmi ceux qui regardent cette annonce, il y a le journaliste Britannien, Diethard, et avec lui Sayako et Rakshata, la scientifique. On voit aussi tous les membres des Knight of Round, dont Suzaku très énervé, qui dit que ce n'est pas Zero.

On apprend que le signal de la transmission est émis depuis le consulat général de l'Union chinoise. Un soldat se demande alors comment ils ont rejoint le consulat. En fait, la partie de la tour qui s'est effondrée a été utilisée comme chemin pour atteindre en sureté le consulat.
L'homme aux longs cheveux noirs, garde du corps du représentant chinois, demande à ce dernier si cela va avec ses convictions, il lui demande alors s'il est en train de discuter ses ordres, l'homme répond que non, puis s'en va, on s'aperçoit ensuite que le représentant est sous l'influence du Geass.
Zero déclare alors que la chambre dans laquelle il se trouve forme désormais les Etats-Unis du Japon...

L'homme aux cheveux longs se trouve alors dehors et empêche les Britanniens d'entrer, puis arrive le Knightmare doré, d'où en sors Rollo. L'homme lui dit que Britannia s'est rétiré, à moins qu'il ne soit avec Zero, Rollo répond alors qu'il peut se trouver dans n'importe quel camp.
Puis il s'approche de l’homme et dit qu'il veut connaître la vérité, et que c'est pour cela qu'il est venu tuer Zero, un Geass apparaît alors dans son œil droit... Fin de l'épisode.