Shirley et la Main Armée

L'épisode commence par l'enterrement du père de Shirley, auquel assiste sa famille, Shirley, ainsi que tous les membres du conseil des étudiants. Il s'en suit une discussion entre eux et Shirley durant laquelle Suzaku dit que ce qu'a fait l'Ordre est atroce, et qu'obtenir des résultats en utilisant des mauvaises méthode ne vaut rien, ce qui semble marquer Shirley.
Tout le monde s'en va en laissant seuls Shriley et Lelouch, celle-ci s'excuse car elle a été manipulatrice, et a profité de l'ambiance pour l'embrasser. Elle s'excuse, puis s'en va en pleurant.

Plus tard, Lelouch est dans sa chambre avec C.C, celle-ci lui demande s'il regrette ce qu'il a fait, puis lui rappelle qu'il a déjà tué énormément de gens, et que ces personne avaient eux aussi des familles. Elle lui dit alors qu'il a beau se prendre pour un grand, il reste encore un enfant naïf, ce qui énerve Lelouch, qui plaque C.C sur le lit. Elle lui dit alors de ne pas la décevoir, puis celui-ci, surpris par ces paroles, sort de la chambre pour prendre une douche. S'en suit alors une série de flashback, permettant ainsi à Lelouch de mettre les choses au clair dans sa tête.
Pendant ce temps, Suzaku va participer à une autre opération, sur ordre direct de Cornelia. Plus tard, Diethard informe l'Ordre que Cornelia souhaite capturer le Général Katase, le chef du Front de Libération Japonais. Celui-ci, avec les troupes restantes, essaie de s'enfuir dans un cargo rempli de Sakuradite. Zero dit alors qu'ils vont les secourir.
Suzaku se voit expliquer sa mission, il doit protéger les unité des Chevaliers Maritimes tant qu'il ne sont pas déployés, puis une fois la capture du Général Katase terminée, il devra massacrer les survivants. Suzaku semble réticent, mais il ne peut s'y opposer. Par ailleurs, un plongeur transporte une grosse bombe...

Dans la soirée, Shirley arrive dans le port, proche de l'endroit de la bataille. Viletta lui avait dit que Lelouch avait rallié l'Ordre des Chevaliers Noirs, Shirley l'a donc suivi afin de s'assurer de la véracité des propos de Viletta. Mais Shirley est elle-même suivie par Viletta qui veut vérifier si Lelouch a un lien avec Zero.
Pendant ce temps, Karen entre dans un hangar où se trouve lelouch, sans son déguisement, une serviette sur la tête. Il lui demande si elle est perplexe, Karen dit qu'elle se bat, et tue des gens, car elle pense que c'est le bon chemin. Zero lui dit alors qu'il y aura des morts, des sacrifices, et que c'est pour cela qu'il doivent changer le monde, même s'ils doivent utiliser des moyens détestables. Il lui dit ensuite qu'il ne la forcera pas, et que si elle veut arrêter, elle peut; Karen le regarde, puis lui dit qu'elle avancera avec lui, puis il la remercie.
L'opération commence à l'aube, les Chevaliers Maritimes sont déployés dans l'eau vers le cargo, et les troupes aux sol s'y rendent via les berges. Shirley est témoin de l'opération. Le cargo se fait attaquer, Ougi dit a Zero que ça a commencé, Zero lui répond qu'il est encore trop tôt pour eux d'intervenir.

Le Générale Katase se demande ou est Todo, on lui répond qu'ils n'ont aucun moyen de le joindre. La Front de Libération décide de se rendre et l'annonce sur un canal, Suzaku prévient son commandant, qui lui dit d'ignorer et que ce n'est qu'une tactique pour gagner du temps.
Le cargo avance et s'éloigne des quais. Des Knighmares commencent à aborder le cargo, Des membre de l'Ordre disent qu'il faut qu'il se dépêcher. Zero tient dans sa main un manette d'activation pour la bombe qu'il a précédemment placé sous l'eau, sur la route du cargo. Au moment où il décide de lancer l'opération, il déclenche la bombe et le cargo, remplie de Sakuradite, explose. Zero dit alors que le Front de Libération a attiré Britannia, puis s'est fait s'exploser. Il dit alors de continuer et de frapper les troupes restantes de Britannia.
Diethard profite de l'agitation pour s'enfuir, il a très bien compris le plan de Zero, et s'en réjouit, puis dit qu'il veut en voir plus, un monde créé selon les opinions de Zero.

L'ordre attaque, et Lelouch, aidé de Karen, s'en prend directement à Cornelia. Mais au moment de tirer sur son Knightmare, Lelouch aperçoit une personne sur son détecteur, et reconnaît Shirley, ce qui le trouble, permettant à Suzaku d'intervenir.
Suzaku prend vite l'avantage face à Zero et détruit son Knighmare, celui-ci a juste le temps de s'échapper, mais sa cabine est touchée et il s'écrase contre un container, la cabine ouverte, et Lelouch ayant perdu connaissance.
Karen s'occupe alors du Lancelot, ceux-ci s'éloignent de Zero. Shirley se retrouve alors face à Zero, et saisit son pistolet sur le sol et le pointe sur lui. Au moment où elle s'apprête à tirer, le masque de Zero tombe et Shirley voit le visage de Lelouch... Fin de l'épisode.