Nirai-Kanai

L'épisode commence sur le navire de Terra, alors que le sous-commandant Sôichi fais un rapport sur les récents évènements à Makoto et au commandant Kunugi. Kunugi déclare qu'il devra réunir la "commission" à cause de ce qui s'est déroulé.
Pendant ce temps, Ayato, évanoui, est examiné avec Quon par le mystérieux scientifique de la fin d'épisode précédent : Itsuki Kisaragi. Il souhaite étudier les liens qu'ont les deux jeunes individus, du fait qu'ils aient un tatouage similaire vers le ventre. Après les opérations, Ayato se réveille...

Nous retrouvons ensuite Ayato dans ses appartements, scrutant l'horizon par la fenêtre. Le sous commandant Shouichi lui rend visite pour prendre de ses nouvelles et constate qu'Ayato n'a pas touché à son repas.
Shouichi emmène Ayato au commandant Kunugi, les principaux membres du navire autour d'eux, bien que les tensions entre les deux soient toujours présentes. Il informe le jeune homme qu'il n'a pas été blessé suite à l'attaque et qu'il va pouvoir gagner une chambre en attendant. Ayato refuse cependant l'escorte de Haruka, mais accepte d'accompagner Kisaragi qui venait d'apparaître en déclarant qu'il ne fait pas parti de Terra. Haruka semble dépitée, et Sôichi chuchote à Megumi, une jeune fille de Terra, une demande qui semble la dégouter.

Arrivés au laboratoire après une discussion sur le continent disparu et Mu, Ayato et le professeur Itsuki rencontrent Quon, qui s'avère être la soeur du scientifique en question. Peu après, tous trois se rendent en bateau vers l'île avoisinant la grande ville de Nirai-Kanai tandis que Kunugi se déplace vers la ville.
Kisaragi apprend à Ayato que RahXephon est désormais son unité. Il voit bien que les relations entre Ayato et Kunugi sont mauvaises, aussi il apprend à Ayato que le commandant est quelqu'un de très humain malgré son comportement.
Peu après, le trio arrivent au centre de recherche musical de l'île de Kanai, où ils y rejoignent Sayoko, collaboratrice du professeur. Sayoko propose à Ayato de rester à leurs côtés mais Kisaragi confie qu'il a trouvé un bien meilleur logement pour le jeune homme.

Nous retrouvons ensuite Haruka et Elvy qui semblent s'adonner à un duel culinaire tout en discutant d'Ayato. Elvy conseille à Haruka de nouer des liens avec lui en tant que femme et non de supérieur hiérarchique.
Pendant ce temps, le sous-commandant Sôichi se trouve dans le laboratoire où repose RahXephon, entité dont il cherche un moyen de connaître les pouvoirs.

Plus tard, Ayato s'apprête à partir en direction sur son hébergement, accompagné par le professeur Itsuki et Sayoko. Avant son départ, Quon lui remet une valise rose en précisant qu'il ne doit pas boucher les trous.
En chemin, Ayato montre son enthousiasme peu débordant à aller au lieu de destination mais Kisaragi tente de le rassurer. Plus tard, alors que Sayoko se rend compte que le chemin est trop étroit pour que la voiture poursuite son périple, Megumi arrive, mécontente que son hôte soit en avance. Kisaragi précise en effet que Ayato logera chez elle et son oncle, c'est alors que les deux adolescents commencent déjà à se chamailler.
Peu après, à l'intérieur du logement en question, l'oncle de Megumi, Shôgo Rikudoh, comprend qu'Ayato ait le mal du pays. Aussi, il propose à Megumi de lui faire visiter les alentours, ce qui ne semble pas ravir la jeune fille.

Lors de la visite, d'abord très silencieuse, Ayato et Megumi se disputent encore ce qui pousse Ayato à vouloir partir. Megumi lui répond que malgré les disputes qu'il pourrait y avoir, il ne doit surtout pas s'en aller.
Peu après, une averse fait rage et les deux jeunes gens s'abritent dans un commerce où Megumi en profite pour acheter de quoi se désaltérer tandis qu'Ayato ne reste pas indifférent à un corps d'adolescente trempé par la pluie. Des camarades de Megumi passent devant eux en s'écriant qu'elle sèche les cours pour draguer, ce qui explique à Ayato comment Megumi trouve le temps de travailler à mi-temps à Terra.
Tandis que Megumi tire encore la tête, Ayato la rassure en lui disant qu'elle a un endroit où aller tandis que lui, il ne peut rentrer chez lui. Il explique ensuite à Megumi qu'il souhaite devenir peintre et qu'il est lycéen, la jeune fille pensant que Tokyo-Jupiter n'avait aucun lycée. Le duo se réconcilie lorsque Megumi propose de sa boisson à Ayato, tandis que le beau temps refait surface.

Le soir, Ayato déballe la valise de Quon qui abritait, en plus des vêtements, un chaton, d'où les trous présents sur la valise. Au même moment, Haruka et Elvy, saoule, arrivent. Le chaton se jette dans les bras de Haruka et Ayato comprend qu'elle est la grande soeur de Megumi.
Quelques instants à près, le groupe se régalait autour d'une table, sauf Megumi qui était aux fourneaux. Elvy, toujours en train de boire, montre qu'elle change complètement en étant saoule en parlant de "s'envoyer en l'air" avec Ayato. Le jeune homme ne se laisse pas perturber et complimente l'oncle Shôgo pour le délicieux poisson tandis qu'il souhaite lui parler seul à seul.
L'oncle Shôgo dit à Ayato d'être plus familier avec lui et de l'appeler "mon oncle". Il lui dévoile ensuite la phrase qu'il répète tant à Megumi lui disant de ne pas faire à autrui ce qu'elle n'aimerait pas qu'on lui fasse. Shôgo tend ensuite une petite plaque de bois à Ayato pour que ce dernier aille l'afficher à l'entrée, une plaque portant le nom de Ayato Kamina.
Pendant ce temps, le sous-commandant Sôichi se trouve toujours dans la laboratoire de RahXephon et se rend compte qu'Ayato se plait chez Haruka et Megumi. Le jeune homme, lui, a réglé sa montre à l'heure de se monde et semble s'adapter tandis que Shôgo reçoit le commandant Kunugi au téléphone et lui précise qu'Ayato est de très agréable compagnie et qu'il prendra soin de lui.

Quon est avec son frère, Kisaragi, en train de jouer du piano et s'arrête pour lui demander de la coiffer. Kisaragi lui confie un proverbe qui dit que des cerisiers sont rouges si ils poussent au-dessus d'un corps enterré et demande à Quon son avis sur celui qui pourrait être enterré sous les cerisiers de Kunugi, pourtant bleus...

Un épisode encore bien calme axé sur Ayato et ses nouvelles rencontres. L'action est certes quasiment absente, mais le fait que l'épisode soit principalement centré sur la psychologie d'Ayato et sa découverte de ce nouveau monde rend celui-ci efficace.