Villes anéanties

L'épisode commence en ville, là où une aurore boréale et de mystérieux évènements apparaissent...
Nous retrouvons une jeune femme sur le navire flottant allant droit vers le Lilia Litvyak, celle-ci remarque Ayato et Megumi en train de débattre sur la sauce Soja. Elle se joint à eux et se présente comme Kim Hotal, collègue de Megumi et connaissant parfaitement Ayato, du moins les informations qui circulent à son sujet.

Plus tard, le trio ayant rejoint leurs collègues, ils observent une conférence de presse du leader de Terra : Shirow Watari. Ce dernier se fait questionné par un journaliste à propos d'une arme secrète mais prétend ne pas la connaître. Cette conférence montre à Ayato le peu d'amour que le peuple a pour Terra.
L'alarme sonne ensuite, signalant que la ville d'Okodate a été dévastée et on y observe un des symboles de Mu. Sur cette alerte, Shirow quitte la salle de conférence tandis que Kunugi donne le commandant de Lilia Litvyak à Sôichi.
Peu après, le professeur Kisaragi fait un rapport sur les sons entendus des D1 d'il y a 14 ans et de celui à l'origine se la dévastation d'Okodate qui sont semblables. Haruka continue le rapport en précisant que le D1 a fait des millions de victimes. Ayato et Kim commencent à discuter et la jeune femme dit à Ayato qu'il doit piloter RahXephon, ce qu'il refuse. Une dispute s'engage alors car Kim prétend qu'Ayato n'est bon qu'à piloter RahXephon. La dispute leur vaut l'exclusion de la salle de réunion.

Megumi explique à Ayato que Kim a perdu ses parents à causes des attaques de D1 ce qui explique ses motivations. En même temps, Kim demandait à Sôichi de l'épauler sur ses recherches, ce qu'il refuse. Leur conversation se clot lorsque le professeur Itsuki fait irruption dans la salle et demande à Kim de transmettre un message au centre de recherche à propos du D1 qui a attaqué Okodate.
Pendant ce temps, Shirow et Kunugi s'entretiennent avec un certains Lord Babem sur le développement d'une arme. Ils confient aussi qu'il n'utiliseront RahXephon qu'en cas d'extrême urgence pour ne pas dévoiler cette arme.

Au crépuscule, en retournant chez elle, Kim repense au moment où elle perdit ses parents. Elle est interrompue par Quon qui lui emprunte son baladeur comportant des sons Mûliens donc réservés au laboratoire de recherche. Quon ne se soucie pas de ça et émet une mystérieuse métaphore à propos de la ville, frappée du "sceau de l'étoile".
En même temps, Ayato a gagné le cockpit de RahXephon, collaborant avec Kisaragi uniquement pour les tests de RahXephon mais sans combattre. Sayoko demande alors si Ayato est au courant de "l'électrode" implanté en lui. Le professeur Itsuki répond négativement en précisément cependant qu'il n'a pas menti à Ayato mais qu'il ne lui a pas tout dit.

Le soir, Kim sort de sa douche et reçoit un message de soutien de Megumi. Elle se ressasse ensuite les annonces de massacre des armes Muliennes, les D1. A cette époque, Kim reçut la cadeau d'anniversaire de ses parents : Une boîte à musique qu'elle garde désormais en tant que dernier souvenir. En repensant aux paroles de Quon, Kim réalise quelque chose et entame des recherches.
Elle rejoint plus tard Sôichi pour lui expliquer sa théorie que les sons Mûliens dévoilent le prochain lieu d'attaque. Malgré qu'elle ait trouvé ça avec des documents secrets, Sôichi la félicite et Kim lui donne un baiser sur la joue après avoir montré que leur rapports n'étaient pas que professionnels en le tutoyant.
Peu après, les forces de Terra sont concentrées sur la prochaine ville qui serait attaquée. Bien qu'elles soient sur l'alerte, Elvy et Haruka se disputent encore sur le sujet d'Ayato. Sôichi explique à Megumi qu'il semble que le D1 soit en fait attiré par RahXephon.

La nuit tombée, le D1 apparaît. Les armes de Terra disparaissent mystérieusement mais Ayato surgit avec RahXephon. Un combat s'engage entre les deux entités, combat tout d'abord mené par le D1 jusqu'à ce qu'Ayato frappe son adversaire. Une mystérieuse aurole boréale apparaît au dessus de RahXephon qui semble ensuite être submergé comme lorsque les armes avaient disparues. Pensant qu'Ayato mourrait, Kim se remémore sa conversation où Ayato décida de piloter RahXephon parce qu'il peut le faire.
Ayato ouvre les yeux, englouti, et aperçoit Reika Mishima au dessus des flots. Cette dernière attrape sa main et RahXephon refait surface face au Dolem pour ensuite mener l'assaut et le vaincre facilement. Peu après, Shirow et Kunugi discutent sur l'opération réussie menée par Sôichi.
Plus tard, Kim reprend confiance après avoir remercié Ayato par le biais d'un message écrit.

L'action revient dans cet épisode, et malgré que beaucoup d'énigmes se dressent devant tout, on prend plaisir à voir Ayato trouver petit à petit ses marques.