Le Jour du Rassemblement

La navette des commandants Kunugi et Shirow se rapproche peu à peu de Nirai Kanai. Le journaliste de la conférence de la veille est aussi à son bord. Shirow explique à Kunugi qu'il est là pour leur permettre de faire croire aux forces Alliées leur ignorance sur la "super arme", bien que ce ne soit qu'une question de temps avant qu'elle soit révélée au monde entier.
Le journaliste vient importuner le duo tandis qu'on remarque que Makoto est aussi à bord de la navette qui arrive sur l'île de Nirai...

Sur le Lilia Litvyak, le personnel observe une mystérieuse forme pyramidale qui est, selon un membre de Terra, un morceau de ruine du temple de Meria, une information cencée rester confidentielle.
Sôichi donne ensuite le feu vert à Ayato pour "l'essai". Le jeune homme pose ses mains sur le symbole d'ange décorant la pyramide, et entre dans celle-ci sous les yeux ébahis du reste du personnel qui ne comprennent pas ce phénomène.
Le professeur Kisaragi, dans son laboratoire, observe un autre morceau de pyramide par lequel sort Ayato, inconscient, qui entre ensuite dans le cockpit de RahXephon. Ayato observe les alentours et se rend compte "qu'elle" n'est pas là.

La navette atterrit alors sur le Lilia, et on observe trois pilotes qui viennent d'arriver, en compagnie d'Elvy. La quatuor semble se connaître et ne s'était pas vu depuis deux ans. Les commandants Shirow et Kunugi ainsi que Makoto viennent à la rencontre des quatre pilotes qu'Elvy présentent en tant qu'escadron Alpha, dont elle sera le commandant.
Makoto commence à provoquer Elvy sur le fait qu'elle soit la seule survivante de l'opération Overlord mais les tensions chutent lorsque le journaliste fait irruption pour avoir des informations sur l'intérieur de Tokyo-Jupiter.
Les commandants Shirow et Kunugi vont à la rencontre de Sôichi et, après lui avoir donné des pâtisseries en souvenir, lui confient qu'il devra servir de guide au journaliste qui fait une nouvelle fois une irruption remarquée et se présente comme Johji Futagami. Sôchi se prépare à montrer l'île artificielle à Futagami tout en constatant que Shirow Wasari est toujours aussi amical et n'a pas changé sur ce point là.

De retour au laboratoire du professeur Kunugi où Sayoko est présente, Ayato effectue toujours des tests avec RahXephon. Sayoko remarque que bien qu'il soit loin de chez lui, Ayato est coopératif, surtout qu'il devra sauver le monde.
Après les tests, Ayato se rhabille et Sayoko vient le remercier pour ce qu'il fait. Il lui demande ensuite si elle connaît Haruka, afin d'avoir une idée pour un cadeau de Noël. Après la courte discussion, Ayato quitte la salle et le regard de Sayoko se transforme en un regard méprisant...
De retour à la salle de commande du Lilia, Kunugi demande des nouvelles d'Ayato. Haruka lui répond qu'il est devenu très coopératif et enthousiaste. Kunugi interroge ensuite Sôichi sur le reporter Fugatami qui semble être parti sur l'île de Nirai. Kunugi montre un air méfiant tandis que Sôichi s'interroge sur les véritables intentions du reporter.

Plus tard, le professeur Kisaragi et Makoto effectuent une ballade en barque et semblent bien se connaître. Tous deux ressassent le passé et Makoto se demande si Kisaragi ne se sent pas seul entouré par Terra. Après que la discussion soit interrompue par un passage sous une cascade qui trempera Makoto, Kisaragi aillant prévu un parapluie, la barque arrive au laboratoire où se trouve RahXephon...
Nous retrouvons ensuite le reporter sur l'île de Nirai qui semble s'offrir un coup à boire. Ayato, assis sur un banc, l'interrompt et lui explique comment boire les étranges bouteilles de l'île. S'en suit une conversation entre le duo. Fugatami explique qu'il est loin de chez lui et interroge Ayato sur son "job". Le jeune homme lui ment en prétendant qu'il est livreur de pizza. Ayato reçoit alors le signal qu'un D1 approche, et interrompt leur discussion pour partir...

RahXephon, ainsi que l'escadron Alpha, décollent le plus vite possible sous les yeux du commandant Shirow, impressionné. Dans son rapport à Ayato, Haruka ne parlent que des jambes du D1 et explique que c'est le seul élément qu'on peut distinguer de l'entité. Pendant ce temps, Futagami rend visite à l'oncle Shôgo en lui proposant une partie de jeu...
La bataille se prépare, et Elvy établit le plan en ordonnant à RahXephon de se tenir en retrait tandis qu'elle fait feu sur les jambes du D1, promettant de se venger au nom de ses camarades décédés. L'escadron entier fait feu sur une jambe qui se brise facilement, mais le D1 ne tombe pas sachant qu'il flotte dans les airs. Une armée entière d'ennemis s'approche alors, et l'escadron Alpha entame une bataille intensive.
Au même moment, Shôgo et Futagami discutent sur les occupants de la maison de l'oncle.

Nous retournons ensuite sur le champ de bataille où RahXephon décide de combattre après des attaques kamikazes peu efficaces des petits D1. Ayato découvre au même moment le bouclier sur le bras gauche de RahXephon. En même temps, Quon se réveille, comme si elle semblait avoir été appelée par la bataille.
De nouveau sur le terrain de combat, Elvy décide de monter en piquet pour attaquer directement le D1 principal et refuse de se faire doubler par Ayato. Encore une fois chez l'oncle Shôgo, Futagami parle d'un jeune homme du nom d'Ayato Kamina qui était candidat au concours national artistique des écoles primaires et qui devrait avoir 29 ans s'il est toujours en vie, signifiant qu'il ne s'agit pas de l'Ayato vivant chez Shôgo. Les deux adultes mènent un face à face à regard complexe, tous deux savent de quoi ils parlent...

Elvy est montée au ciel et est éblouie par le soleil mais aperçoit la forme du D1 qui émet un son strident tout en envoyant ses petits D1 au combat. L'alerte sonne sur le Lilia et Kunugi ordonne la retraite immédiate. Elvy a été capturée par le D1 et Ayato décide d'aller à son secours. RahXephon émet alors une onde qui semble s'accorder avec le chant du D1. Ayato se prépare à attaquer mais RahXephon est comme englouti par une substance venant du D1 tandis qu'un autre vaisseau de l'escadron Alpha intervient.
Le professeur Kunugi précise alors qu'Ayato ne craint rien. C'est lorsqu'il voit le dôme de Tokyo-Jupiter qu'Ayato reprend ses esprits. Sa pensée pour ses amis et sa mère lui donnent la force d'attaquer et détruit ainsi le Dolem. La bataille est terminée tandis qu'Ayato observe toujours Tokyo-Jupiter, que Quon a observé la bataille en ajoutant qu'Ayato se trompe sur sa façon de penser en l'appelant "Olin", et que la partie de jeu s'est terminée entre Futagami et Shôgo.

Plus tard, dans le bureau du commandant Kunugi, Haruka réprimande Elvy d'avoir désobeï aux ordres. Après qu'Elvy se soit justifiée, précisant que son instinct lui disait d'attaquer seule le D1, Kunugi la met aux arrêts pendant deux jours pour infractions aux consignes militaires. Makoto était aussi présent dans la pièce et semble satisfait de la situation.
Peu après, Haruka rejoint Elvy qui lui dit qu'il est honteux d'envoyer sur le front un adolescent qui n'a rien demandé, et que c'est pour cette raison qu'elle a pris les devants seule. Haruka la remercie et lui demande de veiller sur lui sur le champ de bataille.
Pendant ce temps, Ayato rentre chez lui et croise Futagami avec lequel il revient discuter. Ce dernier constate que la pochette sous les bras du jeune homme porte le nom de "Ayato Kamina", ce qui l'intrigue. Il lui demande après la raison pour laquelle il travaille, et interrompt le sujet pour signaler qu'il est très lié à Tokyo, ce qui ne semble pas surprendre Futagami plus que ça... Fin de l'épisode.

Un épisode dans la lignée des précédents, toujours centré sur Ayato, et mêlant action et séquences paisibles. Certains trouveront la série toujours aussi intéressante tandis que d'autres attendront un boum qui permettra à la série de vraiment passionner.