Froide Nuit, Sainte Nuit

L'épisode commence sur le laboratoire où se trouve RahXephon. Le reporter Futagami est surpris d'une telle arme et prend des photos de "la bête". Kunugi explique que la colonne d'eau n'a rien de nocive, mais va uniquement réparer RahXephon.
Futagami vient ensuite observer le pic du D1 qui s'était planté dans l'épaule gauche de RahXephon. Kunugi remarque une sorte de cristal planté dans le pic, et se prépare à quitter le laboratoire avec Futagami qui restait suspicieux à la vue de ce même cristal...

Sur la plage, Ayato dessine mais semble vouloir cacher son oeuvre à Megumi qui lui propose même de servir de modèle, ce que Ayato refuse. Megumi remarque alors la tache mystérieuse sur le ventre d'Ayato. Kim, elle, bronze paisiblement tandis que Haruka travaille sans profiter du repos.
Le professeur Kisaragi débarque au même moment sur la plage et déclare qu'il organise une fête chez lui le lendemain pour le transfert de Haruka et repart aussitôt. De retour au laboratoire, Kisaragi offre à Sayoko son "cadeau de Noël", un pendentif de diamant, semblable à celui présent sur le pic du D1, ce qui semble ravir énormément la jeune femme. La neige commence à tomber à ce moment.
Plus tard, dans un bar, Futagami boit un coup avec Makoto qui explique que Noël étaient jadis la fête qui célébrait le solstice d'hiver et non la naissance du Christ, ce qui montre son mépris pour la religion. Futagami raconte ensuite son histoire avec un pêcheur qui lui donna son couteau et qui mourut mystérieusement ensuite, demandant l'avis de Makoto qui reste de marbre.

Haruka rentre alors de son footing et est accueillie par Ayato et constate la mocheté de son manteau. Haruka part un moment puis revient, les joues rouges comme une pivoine, pour donner une paire de gants à Ayato. En même temps, Megumi flemmarde au lit mais est appelée par Haruka.
Les commandants Kunugi et Shirow discutent eux de la dernière attaque de D1 en espérant que la période de Noël sera calme au niveau des batailles. En même temps, Megumi et Kim se promènent en ville, scène qui montre le désir de Megumi de surpasser sa soeur. Dans un fast-food, elle explique à Kim que Haruka garde dans sa chambre un cadeau qu'elle voulait offrir à un garçon qu'elle aimait profondément mais qu'elle ne voit plus.
Kim tente d'entamer la conversation sur Ayato mais Megumi se précipite dehors pour offrir son cadeau à Sôichi qui venait de passer. La commandant semble apprécier ce cadeau et confie à Megumi qu'il sera présent à la fête du professeur Kisaragi. La scène se déroule sous les yeux de Kim qui ne dit rien. Kim rassure ensuite Megumi en lui confiant qu'elle ressemble beaucoup à Haruka.

Plus tard, le commandant Kunugi réunit Kisaragi, Sayoko, Haruka et Makoto en leur dévoilant que le D1 abattu la semaine dernière (cf : le Dolem affronté dans l'épisode précédent) serait capable de régénération et ne serait donc pas détruit. Tandis que Kusaragi semble intéressé par de telles capacités, Haruka dévoile qu'il faut en priorité éliminer ce Dolem.
Lors d'une pause café, Haruka dévoile qu'elle s'est dernièrement surmenée au travail pour une personne sur laquelle elle aurait flashée. Tandis que Sayoko tente d'en savoir plus, Haruka remarque le pendentif au cou de sa collègue et devine qui lui a offert mais Sayoko protège sa poitrine, comme si elle avait l'impression que Haruka allait lui voler ce cadeau...
Au laboratoire, Ayato se fait analyser. Le professeur Kisaragi et le commandant Shirow sont présents et étudient la marque sur le ventre du jeune homme. Ayato s'étonne de ne pas avoir vu Quon ce jour, Kisaragi lui répond qu'elle ne sort pas car elle déteste le froid.

Le silence est total entre Sayoko et Haruka qui est intriguée par le pendentif. Haruka est appellée et confie à Sayoko qu'ils se verront à la fête du soir. Sayoko ne bouge pas, tandis que le cristal du pendentif grossit à vue d'oeil et qu'une entité apparaît derrière elle. Sayoko commence à trembler, et tout ce qui l'entoure gèle subitement...
Plus tard, Kisaragi se rend à la rencontre de Sayoko qui se plaint de ne rien avoir fait de mal et qu'elle a froid, accusant Kisaragi de ne pas "l'avoir réchauffée" tandis que le cristal grossit encore. Kisaragi se rend compte que c'est le cristal qui la met dans cet état et la glace derrière elle se brise subitement puis la jeune femme se jette dans le vide. Kisaragi observe les flots et voit que Sayoko se tient debout, sur la mer qui a gelée.
L'alerte rouge est donnée sur le Lilia tandis que les alentours gèlent et des pics de glace poussent au sol. Ayato arrive précipitamment et interroge Haruka sur la situation. La jeune femme lui répond qu'il s'agit encore du D1. Le dernier D1 est en effet toujours là et est aussi responsable de la récente vague de froid. Kunugi ordonne à Ayato d'aller le vaincre.

Ayato sort avec RahXephon et fait face au Dolem de glace. Il aperçoit alors, dans le front du Dolem, que Sayoko le contrôle et qu'elle y est enfermée. Le D1 attaque subitement RahXephon. Ayato n'ose pas attaquer pour ne pas tuer Sayoko et explique la situation à Megumi. Kunugi ordonne à Ayato de détruire le D1 en précisant que c'est la priorité et que le reste importe peu. Il précise que Terra n'a pas pour rôle de sauver des vies et que pour sauver Sayoko, Ayato devra réaliser un miracle.
Le Dolem perpétue ses attaque et le contact entre RahXephon et le Lilia est coupée. Shirow demande à Kisaragi, qui observe la scène, si Ayato va s'en sortie, Kisaragi répond positivement en précisant qu'Ayato est "l'élu".
Dans le cockpit, Ayato a froid. Reika apparaît à ses côté et pose ses mains sur celles du jeune homme, faisant apparaître les gants que Haruka lui avait offert, et guide les mains réchauffées d'Ayato sur le poste de pilotage.

RahXephon se réactive alors. Ayato fonce sur le Dolem en criant que s'il veut un miracle, il va le réaliser. RahXephon sort une sorte d'épée-laser de son bras droit et tranche le D1. Enfermée dans la glace, Sayoko crie et se remémore deux silhouettes avant de se libérer d'elle même de sa prison de glace.
Pendant ce temps, Quon s'est levée et observe "la lumière d'Olin" qui n'est autre que l'éclat qu'émet RahXephon. Le Dolem se désintègre alors, sous les yeux du reporter Futagami et de Terra. La mission est réussie, et Sayoko est en vie. Cette dernière, allongée à moitié nue dans la main de RahXephon, s'excuse.

Le soir, la fête du professeur Kisaragi a commencé, et ce dernier discute avec Sayoko qui dit n'avoir aucun souvenir de ce qui s'est passé. Elle s'excuse au professeur d'avoir perdu le pendentif mais Kisaragi lui dit que ce n'est pas grave.
Ayato interroge Quon sur le fait qu'elle n'ai pas passé son examen, et elle lui répond qu'elle déteste avoir froid, mais qu'Olin, lui, n'a pas froid. Après ça, Ayato part trinquer avec Haruka tandis que Kim est à une table avec Sôichi. Alors que la jeune femme allait commencer à parler de leur relation, Megumi arrive et tous se mettent à observer Ayato et Haruka, le jeune homme lui rendant les gants en la remerciant et lui confiant qu'ils lui ont bien tenus chaud. Megumi s'étonne de reconnaître cette paire de gants...

L'action se fait beaucoup plus poignante dans cet épisode. L'histoire ne semble pas vraiment avancer, mais l'épisode reste assez efficace pour nous scotcher au siège du début à la fin.